Dans un git bash, tapez les commandes:

git config core.filemode false
git config --global core.autocrlf true

La première commande permet de ne pas provoquer des diffs sur les fichiers qui sont executables dans le repository (certains scripts python par exemple) et qui ne le sont pas dans votre working copy sous Windows, vu que le concept de fichier executable n'existe pas sur cette plateforme. Exemple de symptome:

$ git diff
diff --git a/pki/tests/block.py b/pki/tests/block.py
old mode 100755
new mode 100644

La