Petit memo de ce qu'il faut faire pour installer une debian pour compiler & faire tourner Metafor :

• / : ext3 / bootable / min 10 Gb (7.5 utilisé après install)
• swap : swap : 2*taille de la ram
• /home : ext3 / le reste

• Système de base : à l'installation prendre par défaut le système et environnement graphic
• ajout de l'utilisateur de configuration (local) dans sudo :
  • commande visudo …

    # /etc/sudoers
    #
    # This file MUST be edited with the 'visudo' command as root.
    #
    # See the man page for details on how to write a sudoers file.
    #
    Defaults        env_reset
    # Host alias specification
    # User alias specification
    User_Alias ADMINS = lpapeleux
    # Cmnd alias specification
    # User privilege specification
    root    ALL=(ALL) ALL
    ADMINS  ALL=(ALL) ALL
    # Uncomment to allow members of group sudo to not need a password
    # (Note that later entries override this, so you might need to move
    # it further down)
    # %sudo ALL=NOPASSWD: ALL

• montage du disque nfs :
  • sudo mkdir /accounts
  • sudo echo “#nfs disk” » /etc/fstab
  • sudo echo “gaston.ltas.ulg.ac.be:/accounts /accounts nfs, rw, bg 0 0” » /etc/fstab
  • sur gaston vérifier que la nouvelle machine est dans le fichier /etc/exports
  • sudo mount -a
• openssh-server (le client est installé de base pas le serveur)
• nis (serveur Yellow Pages):
  • domain : NIS_MCT
  • Post config le serveur nis contient les infos des comptes ⇒
    • sudo echo “+::::::” » /etc/passwd
    • sudo echo “+:::” » /etc/group
  • créer les répertoire des utilisateurs nis sur /home et sécuriser (
    • mkdir /home/nisUser
    • chown nisUser:nisUsersGroup /home/nisUser
    • chmod og-rwx /home/nisUser
• emacs / vim
• gcc / g++ (4.3.2)
• bison / flex (pour stp2e)
• cmake (compilation vtk / stp2e / …)
• autoconf / autoheader / autotool / configure
• make
• python / python-dev (2.5)
• python-numpy / python-pyQt4 / *-dev
• QT4 (full : dev / environnement / …)
• libtool
• tcl / tk / tcl-dev / tk-dev
• libapr1 / libapr1-dev / libapreq2 / libapreq2-dev (compilation subversion)
• csh / tcsh (shell pour installer samcef)
• libmotif3 (pour la libXm.so.3 nécessaire à Samcef)
• gmsh

Accepter toutes les dépendances.

• Samcef (serveur de licence : pegase.ltas.ulg.ac.be)
• Matlab (⇒ Robo)

• choix : toutes les libs qui pourraient co-exister en plusieurs version ⇒ /opt/soft-2.3.1
• swig :
  • ./configure –prefix=/opt/swig-1.3.40
  • make
  • sudo make install
• triangle / tetgen : ⇒ /usr/local/bin ca évite de devoir définir de nouveaux chemins dans les path. + vérifier compilation release dans les makefiles (-03 à la place de -g …)
  • make
  • sudo make install
• metis : compiler la version 4.0 & copier la lib ⇒ /usr/local/lib/libmetis.a
• mkl : aller rechercher l'archive des libs et détarer : /opt/intel/mkl/10.1.0.015/…
• petsc : version 2.3.3 : compiler à l'aide du fichier de config ci-dessous (em64t == version 64bits. Si version 32 bits ⇒ remplacer “em64t” par “32”). Méthodologie voir Doc Petsc

  #!/usr/bin/env python
  configure_options = [
  '--with-debugging=no',
  '--with-mpi=0',
  '--with-blas-lib=-L/opt/intel/mkl/10.1.0.015/lib/em64t -lmkl -lguide -lm -lpthread',
  '--with-lgrind=0',
  '--with-lapack-lib=-L/opt/intel/mkl/10.1.0.015/lib/em64t -lmkl_lapack',
  '--with-python=0',
  '--with-shared=0',
  '--with-etags=0',
  '-COPTFLAGS=-MD -O2',
  '--with-dynamic=1',
  '--with-x=0',
  '--prefix=/opt/petsc-2.3.3',
  '-CXXOPTFLAGS=-MD -O2',
  '--with-fortran=0',
  '--with-fc=0'
  ]
  if __name__ == '__main__':
  import sys,os
  sys.path.insert(0,os.path.abspath('config'))
  import configure
  configure.petsc_configure(configure_options)

• vtk : /opt/vtk-5.4.2
  • Détarrer les sources (~/setup/vtk-5.4.2/VTK)
  • Créer un répertoire de compilation (~/setup/vtk-5.4.2/VTKBIN)
  • Aller dans le répertoire de compilation (~/setup/vtk-5.4.2/VTKBIN)
  • Lancer cmake interfacé : ccmake ../VTK
  • gérer les options : (celles à modifier. en “advanced mode [t])
    • BUILD_SHARED_LIBS : ON
    • CMAKE_INSTALL_PREFIX : /opt/vtk-5.4.2
    • VTK_WRAP_PYTHON : ON
    • VTK_WRAP_TCL : ON
    • VTK_USE_GL2PS : ON
    • VTK_USE_GUISUPPORT : ON
    • configure (et vérifier que les libs nécessaires sont présente) [c]
    • VTK_USE_QVTK : ON
    • configure (et vérifier que les libs nécessaires sont présente) [c]
    • DESIRED_QT_VERSION : 4
    • VTK_USE_QVTK_QTOPENGL : ON
    • configure [c]
    • generate makefiles & exit [g]
  • compiler - installer
    • gmake -j 16
    • sudo make install
  • installer le wrapper python
    • cd ~/setup/vtk-5.4.2/VTKBIN/Wrapping/Python
    • sudo python setup.py install
  • Ajouter le répertoire vtk dans le ldconfig (chemin des .so dans le système)
    • sudo echo /opt/vtk-5.4.2/lib/vtk-5.4 > /etc/ld.so.conf)
    • sudo ldconfig -v -f /etc/ld.so.conf
• sparsehash-1.4 : (on ne se sert que du .h. J'ai pas compris le chmilblick ⇒ bidouillage qui marche)
  • configurer - compiler
    • ./configure –prefix=/opt/sparsehash-1.4
    • make
    • sudo make install
  • editer /opt/sparsehash-1.4/include/google/sparsehash/sparseconfig.h

      /*#define HASH_FUN_H <backward/hash_fun.h>*/
      /* the namespace of hash_map/hash_set */
      /*#define HASH_NAMESPACE __gnu_cxx*/
      #define HASH_NAMESPACE std::tr1
      #define HASH_MAP<tr1/unordered_map>
      #define HASH_SET<tr1/unordered_set>
      #define HASH_FUN_H <tr1/functional>