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--- doc:user:geometry:mesh:geniso [2014/08/08 22:49] – joris
+++ doc:user:geometry:mesh:geniso [2016/03/30 15:23] (current) – external edit 127.0.0.1
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-====== Biomec GenIso mesher ======
+====== Biomech GenIso Mesher ======
 This mesher is used to generate a 3D surface mesh from a 3D segmented image.
-===== mono-material mesh =====
+===== Mono-material mesh =====
 The input is a 3D segmented binary image. It contains two values: voxels with a $0$ value are located outside of the object to mesh, voxels with a non-zero value are located inside.
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    poly = generalTools.genisoMeshToPolyData(smooth.getSurf())
-TetGen is used to get a tetrahedral volumic mesh of the object from the triangular surface mesh of the boundary of the object:
+TetGen is used to get a tetrahedral volume mesh of the object from the triangular surface mesh of the boundary of the object:
    ugrid = meshingTools.callTetgen(poly)
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-===== Maillage multi-matériau =====
+===== Multi-material mesh =====
-Cette option permet de générer un maillage qui contient plusieurs zones matérielles: un os qui contiendrait une partie os cortical et une partie os trabéculaire par exemple; un cerveau dans lequel les ventricules et une tumeur seraient séparés; une mâchoire avec une série de dents; ...
+This option is used to generate a mesh which contains several material areas: two different bones, a brain with ventricles separated from a tumor, a jawbone with a series of teeth...
-Dans le cas multi-matériau l'image segmentée représentant la géométrie doit contenir plusieurs //labels//: 0 pour l'extérieur de l'objet (background) et une série de valeurs positives non nulles (typiquement 1,2,3,...) pour distinguer chacun des tissus.
+In the multi-material case, the segment image representing the geometry must contain several //labels//: 0 for the background (outside of the object), and a series of non-zero positive values (typically 1, 2, 3...) for each material.
-Pour utiliser le mailleur GenIso, il faut tout d'abord définir la fonction implicite ''Fct'', équivalente continue de l'image segmentée discrète, et qui permettra au mailleur de fournir une interface //lisse// entre les maillages séparant les différentes régions.
+To use the GenIso mesher, the implicit function ''Fct'' must first be defined. This function is a continuous equivalency of the discrete segment image, and will allow the mesher to supply a smooth interface between the mesh separating each region.
-Pour définir cette fonction, on définit les couples de //labels// de l'image entre lesquels on veut que le mailleur crée une triangulation. De plus, on trie ces couples de manière à définir l'objet hétérogène comme un ensemble de //closed// surfaces sur lesquelles viennent éventuellement se greffer des //open// surfaces. Dans l'image ci-dessous, une tumeur (//open// surface défine par le couple (4,3) vient s'attacher sur la frontière extérieure du cerveau (//closed// surface définie par l'union des couples (3,0) et (4,0)).
+To define this function, couples of //labels// of the image are defined, //labels// between which the mesher must create a triangulation. In addition, these couples are sorted to define the heterogeneous object as a set of //closed// surfaces on which //open// surfaces can be attached. In the image below, a tumor (//open// surface defined by the couple (4, 3)), is tied on the external boundary of the brain (//closed// surface defined by the union of the couples (3, 0) and (4, 0)).
 {{ :doc:user:mesh:geniso_openetclosed.png? 600 |}}
-Dès lors, la syntaxe à utiliser est la suivante:
+Consequent, the syntax is as follow:
     fct = Fct()
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     fct.build()
+Afterwards, the mesh can be generated with the commands:
-Ensuite, nous pouvons générer le maillage au moyen des commandes:
     gen = GenerateMesh(fct)
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     poly = generalTools.genisoMeshToPolyData(gen.getSurf()) // vtkPolyData
-A partir de ce maillage surfacique multi-régions, on utilise TetGen pour générer le maillage volumique dans chacune des régions définies. Pour ce faire il faut spécifier à TetGen un point, //seed//, situé dans chacune des régions à mailler volumiquement (vous pouvez par exemple aller chercher ce point en chargeant le vtkPolyData dans l'interface graphique ''geniso/tools/gui4.py'' et en utilisant ensuite l'option //point// ).
+From this surface multi-regions mesh, TetGen is used to generate the volume mesh in each of these regions. To do so, TetGen must be given a point, //seed// situated in each of the regions to be meshed (this point can be found, for example, by loading the ''vtkPolydata'' in the graphical interface ''geniso/tools/gui4.py'' using the option //point//).
     seedbrain= [118.3,160.5,75]
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     ugrid = meshingTools.callTetgenMultipleRegions(poly, regionSeeds, regionVolmax)
-Ensuite, pour charger le maillage dans Metafor:
+Then, the mesh is loaded in Metafor:
-    labels = [1,2]  // les deux labels des régions dans l'ugrid (cfr. visu dans Paraview)
+    labels = [1,2]  // the two labels of the regions located in the ugrid (see visu in Paraview)
     grp = [groupset(1),groupset(2)]
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-===== Paramètres =====
+===== Parameters =====
-^  Paramètre  ^  Signification et valeur conseillée |
+^  Parameter      ^  Meaning and recommended value |
-| ''nbr'' | nombre d'itérations de la fonction de lissage\\ __conseil__: 4 |
+| ''nbr''         | number of iterations of the smoothing function \\ __recommended__: 4|
-| ''spx,spy,spz'' | Espacement de la grille utilisée pour générer le maillage \\ __conseil__ = gen.getRegularGrid().getDx(),.getDy(),.getDz() |
+| ''spx,spy,spz'' | Spacing of the grid used to generate the mesh \\ __recommended__ = gen.getRegularGrid().getDx(),.getDy(),.getDz() |
-| ''res'' | Résolution de la grille utilisée pour générer le maillage\\ __conseil__: image.GetDimensions()[0] si on veut garder la même grille que celle définie par l'image de départ|
+| ''res'' | Resolution of the grid used to generate the mesh \\ __recommended__: image.GetDimensions()[0] if the grid defined by the initial image is to be kept |
-| ''eps'' | distance relative autorisée entre l'image de départ et la fonction Fct \\  __conseil__: 1./image.GetDimensions()[0] signifie une distance d'une largeur de voxel|
+| ''eps'' | relative distance allowed between the initial image and the function Fct \\ __recommended__: 1./image.GetDimensions()[0], which corresponds to a distance of a voxel width |
-| ''nmin'' | degré de lissage\\ __conseil__: entre 15 et 100 |
+| ''nmin'' | smoothing degree \\ __recommended__: between 15 and 100 |
-| ''interpol'' | 0: fct d'approximation, 1: fct d'interpolation\\ __conseil__: 0 pour une surface plus lisse, 1 pour une géométrie plus proche de l'image |
+| ''interpol'' | 0: approximation function, 1: interpolation function \\ __recommended__: 0 for a smoother surface, 1 for a geometry closer to the initial image |
-| ''type'' | 1: linéaire, 2: quadratique\\ __conseil__: 1 pour la robustesse, 2 pour une surface plus lisse |
+| ''type'' | 1: linear, 2: quadratic\\ __recommended__: 1 for robustness, 2 for a smoother surface |