====== Commit 2010-02-05 ====== ===== Modifications apportées à Geniso ===== ==== Génération d'un maillage ==== poly = meshingTools.callGeniso(image,gridspacing,nmin,alpha) ou, de manière équivalente: # définition de l’image sous forme d’un ensemble de points fct = Fct(generalTools.vtkImageDataToCpp(image),nmin,alpha) # génération du maillage gen = GenerateMesh(fct) gen.getRegularGrid().setDimensions(int(1.0/gridspacing)+1, int(1.0/gridspacing)+1, int(1.0/gridspacing)+1) gen.getRegularGrid().setSpacing(gridspacing, gridspacing, gridspacing) gen.getRegularGrid().setOrigin(0.0,0.0,0.0) gen.execute() # récupération du maillage sous format vtk poly = generalTools.genisoMeshToPolyData(gen.getSurf()) * ''image'' : image segmentée ( 1 ou plusieurs domaines ) sous format vtk (vtkImageData) * ''gridspacing'' : finesse de la maille utilisée pour générer le maillage : 1/gridspacing positions seront évaluées dans chaque dimension. Utilisez 0.05 pour un maillage grossier et 0.01 pour un maillage fin. * ''Nmin'' et ''alpha'' : paramètres pour la reconstruction des surfaces (continues) à partir de l’image (discrète). ''alpha'' doit être compris entre 0.6 et 0.9 et ''nmin'' entre 30 et 150. Par défaut ''alpha=0.75'' et ''nmin=100''. Augmenter nmin ou alpha donnent une représentation plus lisse de la surface et inversément. La génération du maillage s’effectue comme suit : - Extraction d’un ensemble de points appartenant aux frontières des domaines présents dans l'image segmentée - Reconstruction d’une ou plusieurs surfaces implicites à partir de cet ensemble de points ( Multi-Level Partition of Unity Models, Y.Ohtake ) - Génération du maillage, par une méthode de type Marching Tetrahedra qui permet de prendre en compte plusieurs fonctions implicites - Pendant la génération du maillage : décimation des points qui sont quasi superposés (et qui n’ajoutent donc rien à la définition de la surface) - Lissage du type laplacien mais en contraignant les noeuds sur les surfaces définies par les fonctions implicites. ==== Décimation ==== deci = DecimateMesh(generalTools.polydataToCpp(self.curPoly)) deci.setDecimationCriteria(criteriatype,areaLimit,lengthLimit,gradientLimit) # critère pour la suppression d'un noeud deci.execute() vtkpolyDecimated = generalTools.genisoMeshToPolyData(deci.getSurf()) # récupération du maillage sous format vtk Cette fonction permet de simplifier (supprimer des noeuds) un maillage geniso ou autre. Plusieurs critères de décimation sont possibles. Ils sont basés sur: * la plus petite aire voisine au noeud * la plus petite arête voisine au noeud * la variation des normales aux triangles voisins * le nombre de voisins : un tel critère permet d’améliorer la topologie du maillage ==== Lissage ==== Si le maillage a été généré avec geniso : on peut utiliser les fonctions implicites utilisées pour la génération du maillage afin de contraindre les positions nodales sur ces surfaces. fct = Fct(generalTools.vtkImageDataToCpp(image),nmin,alpha) smooth = SmoothMesh(genisoMesh) smooth.smoothWithFct(2, fct) vtkpolySmoothed = generalTools.genisoMeshToPolyData(smooth.getSurf()) Si le maillage n’a pas été généré avec geniso : on peut quand même contraindre les positions nodales sur un maillage de référence (généralement le maillage initial). smooth = SmoothMesh(generalTools.polydataToCpp(vtkPolyData)) smooth.smoothWithReference(2,generalTools.polydataToCpp(vtkPolyData)) smoothedPoly = generalTools.genisoMeshToPolyData(smooth.getSurf()) Le fait de se baser sur une surface de référence permet d’éviter que la surface « ne se ferme sur elle-même », comme lorsqu’on applique un lissage de Laplace classique (disponible dans vtk). ==== GUI4 ==== {{:commit:2010:100202_gui4.png?300|gui4.py}} Interface graphique réalisée avec pyqt qui rassemble toute une série de fonctions utiles : * **Image **: * chargement (dicom, vtk, raw, …), enregistrement (vtk) * filtres : gaussien, négatif, seuillage, … extraction d’un contour, d’un slice, … * visualisation : slices, 3 plans, image+maillage surfacique, … * génération maillage surfacique via geniso ou isosurf * **Maillage surfacique** : * chargement (vtk, poly, …), enregistrement (vtk) * filtres geniso : décimation et lissage (cfr. ci-dessus) * filtres vtk : décimation, lissage, … * génération maillage volumique via tetgen * **Maillage volumique** : * chargement, enregistrement ===== Tests ===== Voici quelques images des cas tests ajoutés dans la batterie: {{:commit:2010:100202_brainandtumor.png?200| brainAndTumor.py}} {{:commit:2010:100202_brainandtumorandventricle.png?200| brainAndTumorAndVentricle.py}} {{:commit:2010:100202_encephale.png?200| encephale.py}} {{:commit:2010:100202_humerus.png?200| humerus.py}} {{:commit:2010:100202_radius.png?200| radius.py}} {{:commit:2010:100202_ulna.png?200| ulna.py}} {{:commit:2010:100202_dents.png?230| dents.py}} {{:commit:2010:100202_sphereIsec.png?200| sphereIsec.py}} ===== Fichiers ajoutés / supprimés ===== === Fichiers supprimés === Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoCluster.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoCluster.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoImproveTopo.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoImproveTopo.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoMarchingTets.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoMarchingTets.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoOpti.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoOpti.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoTools.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoTools.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoVertexClust.cpp Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoVertexClust.h Deleting: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\plane.py === Fichiers ajoutés=== Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\dents7.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\encephale.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\humerus.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\radius.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\sphere.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\data\ulna.vtk Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoFct.cpp Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoGenerateMesh.cpp Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoGenerateMesh.h Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoKdtree.cpp Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoKdtree.h Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoMpuImplicits.cpp Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\src\gisoMpuImplicits.h Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\dents.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\encephale.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\humerus.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\radius.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\sphereIsec.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tests\ulna.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4Dialog0.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogChgExtent.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogConstant.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogContour.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogContourExtractor.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogExtractLabel.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogGeniso.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImCutPlane.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImDilate.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImDistancemap.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImErode.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImFlip.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImGaussianSmooth.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImMoreInfopushButton.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImNegative.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImOpenclose3D.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImReslice.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImRotate.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogImSettings.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogLoadRaw.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogPolyDecimation.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogPolyRelax.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogPolySplit.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogPolyTransfrom.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogSelectIm.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogSelectPoly.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\gui4DialogSimple.ui Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\makepyqt.pyw Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4Dialog0.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogChgExtent.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogConstant.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogContour.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogContourExtractor.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogExtractLabel.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogGeniso.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImCutPlane.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImDilate.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImDistancemap.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImErode.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImFlip.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImGaussianSmooth.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImMoreInfopushButton.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImNegative.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImOpenclose3D.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImReslice.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImRotate.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogImSettings.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogLoadRaw.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogPolyDecimation.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogPolyRelax.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogPolySplit.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogPolyTransfrom.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogSelectIm.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogSelectPoly.py Adding: D:\Metafor\Meta\oo_meta\geniso\tools\gui4tools\ui_gui4DialogSimple.py --- //[[vdotreppe@ulg.ac.be|Vinciane d'Otreppe]] 2010/02/05 11:22//